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在保持組蛋白和DNA聯(lián)合的同時，染色質(zhì)被切成很小的片斷，通過運用對應(yīng)于一個特定組蛋白標(biāo)記的生物抗體，將目標(biāo)片段（組蛋白發(fā)生特異標(biāo)記的片段）沉淀下來。ChIP是利用抗原和抗體的特異性結(jié)合以及細(xì)菌蛋白質(zhì)的“protein A”特異性地結(jié)合到免疫球蛋白的Fc片段的現(xiàn)象合用開發(fā)出來的方法（免疫磁珠結(jié)合proteinA，proteinA結(jié)合抗體Fc段，抗體結(jié)合抗原即發(fā)生特異標(biāo)記的組蛋白，這里要注意組蛋白是和DNA結(jié)合的，這樣就把目標(biāo)組蛋白和DNA的復(fù)合體沉淀下來了）。細(xì)胞實驗外包再將組蛋白與DNA分離，用獲得的DNA去做PCR分析和序列測定等檢測技術(shù)，從而進一步檢測哪些基因的組蛋白發(fā)生了修飾。

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因為RIP做完得到的是RNA序列，要做后續(xù)檢測，比如測序、判斷目標(biāo)序列位置等，是不是都必須要做RT-PCR，得到逆轉(zhuǎn)錄的DNA后，后面就跟ChIP相同了？細(xì)胞實驗外包。常見的用realtimeqRT-PCR。如果對照的目的是保證兩個樣品間加入的細(xì)胞量一致或者進行定量，理論上說，使用input作為判別，計算不同樣品上樣量的差異。如果對照的目的是為了看IgG以及目的抗體富集的非特異性mRNA的量的話，那么可以找一個確定不會與目的抗體結(jié)合的RN**段設(shè)計primer進行qPCR，用來看IgG以及目的抗體拉下來的背景情況。RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀ChIP技術(shù)的類似應(yīng)用，但由于研究對象是RNA-蛋白復(fù)合物而不是DNA-蛋白復(fù)合物，RIP實驗的優(yōu)化條件與ChIP實驗不太相同（如復(fù)合物不需要固定，RIP反應(yīng)體系中的試劑和抗體相對不能含有RNA酶，抗體需經(jīng)RIP實驗驗證等等）江蘇真實細(xì)胞實驗外包服務(wù)

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